Kenya spiller en vigtig og aktiv rolle som regional transportkorridor og økonomisk center i Østafrika og på Afrikas Horn. Vækstpotentialet er stort, og danske skibe laster og losser råvarer, olie og fødevarer i Kenyas primære havn, Mombasa, hvor hovedparten af Kenyas import og eksport foregår. Udviklingen af transportkæderne fra sø til land er derfor en afgørende forudsætning for at understøtte den økonomiske udvikling i Kenya ved at effektivisere transportkæderne og få bugt med flaskehalse, der skaber handelshindringer.
I 2021 underskrev den danske og kenyanske regering et forståelsespapir (MoU), hvor parterne blev enige om at samarbejde på en række områder herunder ift. maritim uddannelse og træning, maritim sikkerhed, beskyttelse af havmiljøet og håndtering af klimaforandringerne. Samarbejdet er ved at blive yderligere konkretiseret i dialog med myndighederne i Kenya.
Danmark og Kenya igangsatte en fase 1 (2025-2027) af et strategisk sektorsamarbejde i januar 2025, hvor hovedfokus vil være på at styrke træning af søfarende, fiskere samt lodser, forbedre sikkerheden i havne samt for søfarende, herunder implementering af international regulering. Hertil vil fokus være på grøn skibsfart samt reduktion af CO2-udledninger.